公元2015年。
通过※3来观测地球未来的※1已确认2016年以后的人类史已崩溃这一事实。
直至昨天还确实存在着的、通往2115年的“被许诺的未来”，在毫无征兆的情况下突然消失不见了。
为查明原因，※1将灵子演算装置特里斯墨吉斯忒斯选中的年轻人任命为御主，送往疑似导致人类史消灭的时代。
//……上述内容修改得更具Fate风味一些
基本故事线就写得简单明了一些。
前往各个导致人类史消灭的年代（圣杯战争），打倒让该年代陷入扭曲的BOSS、回收圣杯碎片，最终打倒罪魁祸首——位于纪元前500年的所罗门及其御主。
1. 初始的游戏说明、舞台说明、用语（从者）说明。
在新手教程关卡“燃烧污染都市·冬木”中科普“从者究竟是什么”这一《Fate/stay night》的基础知识。
→查明圣杯碎片就是起因。
2. 为了回收圣杯碎片而存在的前半部分。第二章～第四章。
进行约2～3场圣杯战争。
让玩家在这些战斗中享受游戏要素的同时，
・暗示潜藏在背后的罪魁祸首BOSS的存在。
・讲解※1的内部情况，说明难以跳跃至公元以前。
EX章. 日本。随时都能挑战的迷你地图。
无论哪个年代，日本都被列为“最大禁忌污染领域”。
虽然在日本测量到了最强烈的圣杯碎片反应，但是被称作“天魔”、不明真身的怪物导致无法进入日本。
3. 前半部分的尾声。所罗门登场
敌方阵营的主帅所罗门登场～打倒他（第一次）
从他口中说出“灭绝人类是我个人意愿”之类的发言。
因此得知这场战斗是由2015年的御主阵营
对抗纪元前500年左右的御主阵营。
玩家是试图从未来修正过去，
而敌方阵营则是试图从过去变革未来。
EX章. 再度前往日本。
在达成“收集持有法力的从者”等条件前往日本后，“天魔”便会失去其外壳，露出真面目。
打倒大剑豪宫本武藏，使其成为从者后，便能潜入神话时代。
・在此会释出关于第八个职阶Beast的情报。
4. 回收圣杯碎片的后半部分。第五～第七章。
进入神话时代规模宏大的战斗。
让玩家享受游戏乐趣的同时，
・讲解原本的从者系统。原本是为打倒Beast而存在的。
・所罗门与他的御主之间的关系。双方所着眼的未来有着微妙的不同。
5. 最终章。
与所罗门（黑幕）的决战。阻止黑幕的创世光年，迎来结局。
→如果需要再来一个反转，就采用最终BOSS方案B（白纸化）。